Mac mini 2006 byl první model této kompaktní a cenově dostupné řady počítačů Apple, který byl uveden na trh v lednu 2006. Tento model byl významným milníkem, protože byl součástí přechodu Apple na procesory Intel, čímž se výrazně zlepšil výkon a kompatibilita s širokou škálou softwaru. Mac mini 2006 byl malý, ale výkonný desktop, který se vešel do formátu malého plastového krytu o velikosti pouhých 6,5 cm na výšku a 19,7 cm na šířku.

Mac mini byl poháněn procesorem Intel Core Duo nebo Intel Core 2 Duo (v závislosti na verzi) s frekvencí až 1,83 GHz. Měl 512 MB nebo 1 GB RAM (rozšiřitelných až na 2 GB) a pevný disk s kapacitou od 60 GB do 120 GB. Tento model měl také integrovanou grafiku Intel GMA 950, což znamenalo, že nebyl ideální pro náročné grafické aplikace, ale pro běžné kancelářské úkoly a multimédia byl dostatečně silný.

Mac mini byl cenově přístupný, což umožnilo širokému okruhu uživatelů přístup k počítačům Apple bez potřeby investovat do větších a dražších zařízení. Tento model položil základy pro budoucí generace Mac mini a byl oblíbený mezi uživateli, kteří hledali kompaktní počítač pro domácí i kancelářské použití.