Macintosh SE s dvěma mechanikami, uvedený v roce 1987, byl jednou z původních konfigurací modelu Macintosh SE. Nabízel dvě 800kB disketové mechaniky, což umožňovalo snadné kopírování dat bez nutnosti neustálé výměny disket. Tato konfigurace byla oblíbená zejména ve školách a kancelářích, které zatím nevyužívaly pevné disky.

Počítač poháněl procesor Motorola 68000 na frekvenci 8 MHz a měl 1 MB RAM (rozšiřitelnou na 4 MB). Displej byl 9palcový monochromatický CRT s rozlišením 512 × 342 pixelů a operačním systémem System 4 až 6, později i System 7. SE přinesl možnost snadné uživatelské výměny paměti díky novému vnitřnímu designu.

Díky vestavěnému SCSI portu bylo možné připojit externí zařízení jako tiskárny nebo pevné disky. I bez vnitřního disku byl SE s dvěma mechanikami dostatečně výkonný pro základní kancelářskou práci či výuku. Vyráběl se do roku 1989, kdy ho nahradily novější modely jako SE FDHD.